Ideea de filogenie este folosită în contextul biologiei pentru a face aluzie la originea și evoluția speciei . Conceptul se poate referi și la ramura acestei științe care se concentrează asupra legăturilor de rudenie care există între diferitele seturi de ființe vii.

Din teoria evoluției condusă de omul de știință englez Charles Darwin, a devenit necesară cunoașterea istoriei evolutive a fiecărei specii. Filogenia a apărut cu scopul de a studia relațiile evolutive, analizând modul în care sunt distribuite personajele diferitelor taxoni.

Aceste date permit crearea copacilor filogenetice, care detaliază relațiile evolutive dintre acele specii care au un strămoș în comun. Arborii fylogenetici, la rândul lor, permit dezvoltarea unei clasificări filogenetice care stabilește apropierea evolutivă între specii.

Pentru a cunoaște filogenia unui organism, trebuie să-i studiem ADN - ul, anatomia și morfologia sa, printre multe alte caracteristici. Rezultatele acestui tip de studiu ne permit să cunoaștem asemănările și diferențele dintre specii și astfel să ne stabilim relațiile evolutive.

Un clade este un grup compus dintr-un strămoș și toți descendenții lui. De asemenea, numit grup monofiletic, constă în strămoșii comuni (un regat, o specie sau o populație) și toate organismele care coboară din ea. Dacă acest grup este exclus de la un descendent, se numește grup parafietic . Între timp, grupuri compuse din specii care coboară din mai mulți strămoși sunt cunoscute ca polifiletice .